分子蒸馏可得到纯净安全的产物，且操作工艺简单。它能分离常规蒸馏不易分离的物质，分子蒸馏装置要让体系压力符合高真空度要求，对材料密封要求较高，且蒸发面和冷凝面之间的距离要适中，器材加工难度大，造价高。
　　蒸馏货品的耗能小，由于分子蒸馏整个分离过热损失少，由于分子蒸馏装置的结构形式，其压强很低且阻力远比常规蒸馏小，因而可大大节省能耗。
　　对于高沸点、热敏及易氧化物料的分离,分子蒸馏供应了恰当的分离方法。因为分子蒸馏在远低于物料沸点的温度下操作,而且物料停留时间短。
　　蒸馏液膜薄，整个货品的传热效率高，其物料的受热时间短，受加热的液面和加冷凝面之间的距离小于轻分子的平均自由程，所以由液面逸出的轻分子基本未经碰撞就到冷凝面。